由于五軸偏擺切割頭的問世，磨料水射流噴嘴在任意方向上的精確偏擺轉動成為了可能，這是對磨料水射流切縫進行補償的必備條件之一。而另一必備條件就是軟件，在磨料水射流精密切割中，磨料水射流設備的控制軟件是其最為重要的組成部分。J.  Olsen 博士將水射流設備所使用的軟件根據其功能劃分成了兩種：

 第一種功能是 CAD/CAM 的功能，該功能通常用于制作水射流切割的加工路徑，由于磨料水射流本身是圓柱形的，不能像傳統加工方式那樣直接使用圖紙，而必須在充分考慮其射流直徑的情況下生成 XY 軸的移動路徑；另一種功能則是精確計算擺動頭上的兩軸在不同位置所需要偏擺的方向與角度的功能，該功能需要在很短的時間內根據給定參數計算出切割過程中噴嘴的擺動路徑，這種功能才是磨料水射流精密切割的軟件核心，對設備的加工精度有著巨大的影響。這種功能的關鍵就在于對擺動頭上的兩軸偏擺的方向與角度的精確計算上，而要精確計算這些數據就必須有能夠精確計算給定參數下相應數據的模型。

 只有在軟件的這兩種功能的配合下，精確的、高質量的磨料水射流切割才可能實現。事實上，在水射流行業中很多重大的改進都是通過軟件的進步而產生的。五軸磨料水射流設備與精密控制軟件結合在一起，就可以對傳統磨料水射流的加工缺陷進行精確的補償。以一次正常的加工過程為例，首先導入待加工工件的圖紙，然后通過磨料水射流的 CAD/CAM 軟件生成噴嘴的移動路徑，而后控制軟件會根據所設定的相關參數，如水的壓力，磨料流量，所需切面質量等級等，自動計算整個路徑上各個位置的切割速度，然后再根據各點速度計算擺動頭在各點所需擺動的角度，以 OMAX 的設備為例，在切割路徑上平均每毫米需要計算大約 790個點的偏轉角度[68]，最后再根據這些數據生成整個切割過程的控制文件，并通過CNC 系統完成切割過程。這整個過程是典型的計算在前，制造在后，充分發揮了現代計算機智能制造技術的優點，省去了傳統加工中 G 代碼的復雜編程過程與相關參數的優化過程，直接將磨料水射流切割技術提升到了精密加工的水平，使磨料水射流切割技術產生了質的飛躍，2005 年這一技術獲得了水射流界最高獎項——美國水射流協會技術獎。